目的 DNA 无富集 / 富集效率低

qPCR / 测序检测无目的条带，或富集倍数＜2

1. 甲醛交联过度 / 不足，影响蛋白 - DNA 结合或超声破碎；

2. 超声破碎条件不佳，DNA 片段过长（＞1000bp）或过短；

3. 抗体特异性弱，无法有效结合靶蛋白；

4. 洗涤过度，导致蛋白 - DNA 复合物解离

1. 优化交联条件（1% 甲醛室温交联 5-10min，甘氨酸终止）；

2. 调整超声功率 / 时间，将 DNA 片段控制在 200-500bp；

3. 选用 ChIP 级特异性抗体，设置阳性对照抗体；

4. 减少洗涤次数（3-4 次），降低洗涤液盐浓度

背景过高（非特异性 DNA 富集）

阴性对照（IgG）富集倍数高，特异性差

1. 抗体非特异性结合染色质；

2. 超声破碎不完全，大片段 DNA 易被非特异性吸附；

3. 封闭不充分，磁珠 / 琼脂糖珠吸附杂蛋白 - DNA；

4. 洗涤不彻底，残留未结合的染色质

1. 设置 IgG 同型对照，选用高特异性 ChIP 级抗体；

2. 优化超声条件，确保 DNA 片段均一；

3. 用鲑鱼精 DNA+BSA 封闭磁珠 1h；

4. 增加洗涤次数（4-5 次），使用含 0.1% SDS 的洗涤液

DNA 回收率低

洗脱后 DNA 浓度低，无法满足后续检测

1. 细胞起始量不足（＜1×10⁶个）；

2. 超声破碎过强，导致 DNA 断裂成小片段难以回收；

3. 洗脱条件温和，蛋白 - DNA 复合物未充分解离；

4. DNA 纯化步骤损失过多

1. 增加细胞起始量（1×10⁷~1×10⁸个）；

2. 降低超声功率，避免 DNA 过度断裂；

3. 优化洗脱条件（50mM Tris-HCl pH8.0+10mM EDTA+1% SDS，65℃孵育 15min）；

4. 选用高效 DNA 纯化试剂盒，减少纯化步骤

蛋白 - DNA 复合物解离

免疫沉淀后检测不到靶蛋白或目的 DNA

1. 交联不充分，生理状态下结合力弱的复合物易解离；

2. 孵育温度过高，破坏蛋白 - DNA 相互作用；

3. 洗涤液中去垢剂浓度过高

1. 延长交联时间（适用于弱相互作用），或使用双重交联剂；

2.全程 4℃孵育（抗体结合、洗涤、沉淀）；

3. 降低洗涤液中 SDS 浓度至 0.1% 以下

PCR 扩增无条带 / 扩增效率低

洗脱 DNA 后 PCR 检测无产物

1. DNA 片段降解（操作中未加核酸酶抑制剂）；

2. 洗脱 DNA 中残留 SDS / 蛋白酶 K，抑制 Taq 酶活性；

3. PCR 引物设计不当（跨度过大或特异性差）

1. 全程添加 RNase/DNase 抑制剂，避免 DNA 降解；

2.纯化洗脱 DNA，去除残留抑制剂；

3. 设计针对 200-500bp 片段的特异性引物，设置阳性对照引物

实验重复性差

不同批次实验富集倍数差异大

1. 细胞培养状态不一致；

2. 超声破碎条件不稳定；

3. 抗体批次差异；

4. 孵育时间 / 温度控制不严

1. 标准化细胞培养条件，使用同一代次细胞；

2.固定超声功率、时间和循环次数；

3. 使用同一批次 ChIP 级抗体，分装冻存；

4. 严格控制 4℃孵育时间（抗体结合过夜）